หลังจากที่ปลาวางไข่แล้วควรย้ายพ่อแม่ปลาทองออกก่อน แล้วย้ายไข่ไปฟักในภาชนะที่มีน้ำคุณภาพดี ส่วนน้ำในบ่อเพาะควรเปลี่ยน และเปิดออกซิเจนให้เพียงพอ
การอนุบาลปลาทองไม่ควรใช้บ่อขนาดใหญ่เพราะจะทำให้ดูแลยาก โดยไข่ปลาทองจะใช้เวลาการฝักเป็นตัวประมาณ 2-3 วัน ลูกปลาทองที่ฟักออกเป็นตัวในระยะแรก จะยังไม่ทานอาหาร เนื่องจากจะใช้อาหารจากถุงไข่แดงที่ติดอยู่กับหน้าท้อง (Yolk Sac) เมื่อลูกปลาอายุ 3 วัน ถุงไข่แดงจะยุบ จึงเริ่มกินอาหาร อาหารในระยะแรกคือ ไข่แดงต้มสุกบดละเอียด ละลายน้ำสาดให้กินวันละ 3-4 ครั้ง ลูกปลา 100,000 ตัว ให้ไข่ประมาณ วันละ 1 ฟอง หรือจะเสริมด้วยไรแดง ให้ลูกปลากินด้วยก็ได้ ลูกปลาจะเจริญเติบโตได้อย่างรวดเร็ว และแข็งแรงสมบูรณ์ ข้อควรระวังสำหรับไข่แดงนั้นควรให้ครั้งจะไม่มาก เพราะไข่แดงที่เหลือจะทำให้น้ำเสียเร็ว และควรใช้สายยางขนาดเล็กดูเศษอาหารที่เหลือออกเป็นประจำ
เมื่อลูกปลาอายุ 1 เดือน จึงทำการคัดขนาดและย้ายบ่อ โดยคัดปลาที่มีขนาดใกล้เคียงกันไปอยู่ในบ่อใหม่และให้อาหารเม็ดขนาดเล็ก หรืออาหาร มีชีวิต ได้แก่ ลูกน้ำ หนอนแดง หรืออาหารปลาสำเร็จรูปขนาดเล็ก เป็นต้น สำหรับหนอนแดงเราควรนำไปต้มก่อนให้เพื่อป้องกันโรคต่างๆที่อาจจะเกิดกับปลาทอง
และเมื่อลูกปลาทองมีอายุประมาณ 1.5-2.5 เดือน จะเริ่มเปลี่ยนสี ช่วงนี้ทำให้การคัดปลาที่มีลักษณะสวยงามถูกต้อง ตามสายพันธุ์เพื่อเลี้ยงไว้ต่อไป
